1x03 Hide And Seek

Dr. McKay krijgt gentherapie van Dr. Beckett. Dit houdt in dat hij de Ancientgenen in zijn bloed krijgt. Hij probeert te testen of het werkt door een persoonlijke schield die de Ancients hebben gemaakt aan te doen. Deze zorgt dat hij beschermd wordt. Een nadeel is dat McKay niet weet hoe hij het weer afkrijgt en kan hij niet eten en drinken met het schild aan. Sheppard en Weir denken dat het wel goed komt, omdat veel technieken van de ancients op emotie's werken. Het schild zou vanzelf af moeten gaan.

Ondertussen wordt een van kinderen van Athosians, Jintho, vermisd. Hij was aan het spelen met een van zijn vrienden, toen hij verdween. Ze vinden hem via de intercom, maar weten niet hoe hij zover van het centrum van Atlantis heeft kunnen komen. Al gauw wordt dit ontdekt door Sheppard. Wat ze dachten dat het een gewone kast was, blijkt in een werkelijkheid een soort van lift te zijn. In de lift hangt een plattegrond van Atlantis waarop je een bepaalde plekken kunt drukken. Als je er op drukt kom je daar terecht. Sheppard komt bij Jintho terecht en vind een soort van laboratium. Hij vraagt of Jintho ergens heeft aangezeten. Jintho heeft een entiteit bevrijd die zich voed op energie. De energie wordt overal uitgeschakeld in de hoop de entiteit weer te kunnen vangen, maar deze trapt er niet in. Uiteindelijk komt McKay met een oplossing. Hij zorgt dat deze door de stargate naar een andere wereld gaat. Terwijl hij de entiteit naar de stargate lokt met een  naquadah generator, voedt die zich op het schild dat McKay draagt. Uiteindelijk verdwijnt de entiteit, het schild dat McKay droeg, heeft geen energie meer, waardoor deze afvalt.